Der PVE Backup Job sicher bei VMs (KVM) und VEs (LXC) immer die dazugehörigen Images.
Wenn deine App (VM/VE) die Daten in einem dieser Images speichert, dann sind diese auch Teil des Backups.
Wenn deine App so Konfiguriert ist, das die Daten dieser, bspw. via NFS, S3 oder auch LXC Diractory...