Da das kein Standardphänomen ist, können die Ursachen ganz verschieden sein.
Mal ist es der I/O Pfad, z.B. Disk, mal CPU und wenn du Pech hast ein Memoryleak oder ein Softwarebug.
Ich empfehle für Updates eh seit vielen Jahren, lieber ein Backup statt Snapshot zu machen. Ein PBS Backup kann ich...